其实这个对外公开的结论从一开始就确定了，因为天启帝第二天就下了“罪己诏”。调查是天启帝下“罪己诏”之后开展的。主持这次调查的魏忠贤当时呈送给天启帝的秘密报告里的结论是“东林党”勾结后金奸细作案，包括东宫之死，也是这次重大阴谋的一部分。而东林党人提出“灾变修省”之议，认为是天启帝信任重用的魏忠贤等阉党大肆迫害忠良，所以导致上天用这种方式来进行警告。
事实上，认为后金派间谍来北京进行破坏，是完全有道理的。因为天启六年早些时候，在宁远之战中，袁崇焕用红夷大炮遏制了后金的进攻，据传努尔哈赤死于炮击。随后继位的皇太极，因此极度重视火器，他曾命令汉人工匠仿制红夷大炮、并建立了专门的火器部队“乌真超哈”。如果当时后金高层如皇太极想要对努尔哈赤之死进行报复，并且用这种方式，消耗削弱明朝军队最强的依仗，是完全符合逻辑的。但是认为东林党勾结后金，就有点耸人听闻了，并没有切实的证据。正好当时是党争最激烈的时候，阉党借此事件，构陷东林党也不是没有可能。
所以马士英看到邹之麟的奏疏，就意识到，把南京城历年来储存的火药都放在一个地方，在如今内忧外患之际，是个极大的风险。不管是清朝还是流寇，都有动机且有能力潜入南京城，进行一次不亚于“王恭厂爆炸案”的破坏行动。
兵部接到马士英的命令之后，立刻就行动了起来，在三天之内，就把大约四分之三的火药分散储藏到了十来个地方。以弘光朝的组织动员能力来说，不可谓不快。但恰恰很可能是因为这次分散搬运的行动，惊动了潜藏在南京城中的间谍。他们选择提前进行行动，这就有了这次火药局的大爆炸。
万幸的是，当时火药局存放的火药大约只有平时的四分之一。如果没有这次分散搬运行动，被夷为平地的地方，就远远不止现在这点地方，伤亡也要巨大得多。
但是邹之麟怎么会突然之间就上了这样一个奏折呢？这不得不说，是卫明来到这个时空后，导致的第一次蝴蝶效应事件。
起因是卫明的“逃跑计划”中的准备工作中，重要一步，是需要事先熟悉南京城及周边地区的地理环境以及水运和陆路交通的情况。他以自己刚刚从北京来，想要熟悉了解南京这座城市为由，拜托杨大壮帮他找南京城的地图。杨大壮记得在邹之麟的书房里，看到过这样一本带地图的书，他就跑去问邹之麟借。听说是太子想看书，邹之麟喜不自胜。因为明朝的文人，都有好为人师的臭毛病。儒家认为读书人都应该成为君子，而作为君子，有责任帮助别人也成为君子，所以为别人传授知识，是作为一个读书人的责任。读书人的最高的理想是成为“帝师”，如果没有机会成为“帝师”，那么当太子的老师，也是很不错的一个选择，是一次青史留名的机会，说不定家谱上都有单开一页的可能。所以邹之麟捧着一本名为《洪武京城图志》的书，兴冲冲地来到狱神庙，来为卫明“传道授业解惑”来了。完全没有察觉卫明是为了“逃跑计划”做准备的意图。
就在邹之麟为卫明详细讲解这本书的时候，正讲到官署这一章节，提到了火药局。卫明不知怎地就突然来了一句：“这么多火药放在一个地方，很不安全啊。”这一句把邹之麟也提醒了，想想太平坊离自己的官署这么近，万一像天启大爆炸一样波及范围那么大，自己这里说不定也会被夷为平地。回去之后，越想越害怕，连夜写了一份奏疏，第二天就交了上去。这才有了后面兵部下令分散搬运的事情。
卫明完全没想到这次火药局的爆炸，是自己无意中的一句话，引起的蝴蝶效应。因为他根本不知道，在他原本时空的历史上，弘光元年四月的南京城，发生过一次比这次大爆炸剧烈地多的爆炸，不仅摧毁了更多建筑，造成了更多的死伤，更是把南京多年储存的火药消耗一空。这也很可能是最后南京不战而降的关键原因之一。
这一天晚上。卫明失眠了。这是他来到这个时空之后的第一次失眠。
作为一名军医，和所有那个时代的所有中国军人一样，卫明接受的所有的教育和训练，都是为打仗准备的，或者说，他们时刻准备着打仗。但中国其实已经很久没有打仗了，卫明也从来没有真实地经历战争。今天从救治受伤的军士，到后来救治在爆炸中受伤的民众，是他有生以来，感受最真实，最接近战争的一次体验。
因为良好的训练，他几乎是以本能在行动，很少有时间真正用大脑在思考什么。救人……不断地救人。只要他当时冷静下来想一下，会发现，爆炸之后的巨大混乱，是他执行逃跑计划的最佳时机。
哪怕是现在，逃跑的时间窗口，仍然没有关闭。经历了一夜的混乱之后，当他把所有的伤员都安置停当，所有的人都因为疲惫或者伤痛沉沉地睡去，不管邹之麟、杨大壮还是别的什么人，似乎都忘记了他是一个被看押的囚犯，他们放任他自由行动，只要他走出这个院子，没有人会发现这个一整夜都在四处忙碌的医生已经悄然不见了。
原本这个逃跑计划的关键步骤就是首先获取监视者的信任，通过合理的理由，令监视者麻痹，逐渐扩大自由行动的范围，然后故意制造混乱或者借助混乱的机会，混在人群中离开。今天执行这个逃跑计划的所有前提条件都已经齐备。但是他一点都没有想要趁乱逃走的想法。那个他自己规划了很久的逃跑计划，就像被完全抛在脑后了。
这是为什么呢？